Für die steuerliche Behandlung der stillen Gesellschaft kommt es auf die Entscheidung zwischen der sogenannten "typisch stillen Beteiligung" und der "atypisch stillen Beteiligung" an. Besonderheit einer atypisch stillen Beteiligung ist, dass dem Investor sowohl Mitspracherechte als auch eine Beteiligung am Unternehmenswert eingeräumt werden. Dieses "Mehr" führt faktisch dazu, dass seine Rechtsposition aus steuerlicher Sicht der eines Kommanditisten angenähert wird und somit eine echte Mitunternehmerschaft begründet wird. Sofern weder weitreichende Mitspracherechte noch eine Beteiligung am Unternehmenswert in dem stillen Gesellschaftsvertrag verankert sind, handelt es sich immer um eine typisch stille Beteiligung.

a) Typisch stille Gesellschaft

Die typisch stille Gesellschaft ist im Einkommen-, Körperschafts- und Gewerbesteuerrecht keine steuerpflichtige Gesellschaft. Der Besteuerung unterliegen vielmehr das Unternehmen einerseits und der stille Gesellschafter anderseits.

Die Zinsen bei typisch stillen Gesellschaften stellen aus Unternehmenssicht Betriebskosten dar, durch die sich die Bemessungsgrundlage für die Einkommensteuer bei Personengesellschaften und die Körperschaftsteuer bei Kapitalgesellschaften vermindert. Ob die stille Beteiligung in der Handelsbilanz als Eigen- oder Fremdkapital ausgewiesen wird, ist irrelevant. Im Rahmen der Ermittlung der Gewerbesteuerbelastung des Unternehmens sind gem. § 8 Abs. 3 GewStG die Zinsen für den stillen Gesellschafter dem Gewinn des Unternehmens in voller Höhe wieder hinzuzurechnen.

Für den stillen Gesellschafter handelt es sich bei den Zinsen um Einkünfte aus Kapitalvermögen, wenn er Privatperson ist. Die Besteuerung findet im Zeitpunkt der Ausschüttung statt.

Soweit der stille Gesellschafter gleichzeitig (Voll)Gesellschafter des Unternehmens ist, sind die Besonderheiten des § 8a Körperschaftsteuergesetzes zur Gesellschafterfremdfinanzierung zu beachten.

b) Atypisch stille Gesellschaft

Bei einer atypisch stillen Beteiligung ist der Gewinnanteil des stillen Gesellschafters beim Unternehmen nicht als Aufwand, sondern als reine Ergebnisverwendung zu erfassen. Der Grund hierfür liegt in der Mitunternehmerschaft des Stillen. Der auf die jeweilige Vertragspartei entfallende Gewinnanteil wird im Rahmen der sog. einheitlichen und gesonderten Gewinnfeststellung ermittelt. Der ermittelte Gewinnanteil unterliegt in Abhängigkeit von der Rechtsform der Beteiligten der Einkommen- bzw. Körperschaftsteuer. Weitere Besonderheit gegenüber der Besteuerung der typisch stillen Beteiligung ist der Besteuerungszeitpunkt. Für die Besteuerung ist hier nicht der Zeitpunkt der Ausschüttung des Gewinnanteils, sondern das Jahr seiner Ausschüttung entscheidend. Dies gilt selbst dann, wenn er nicht oder nicht vollständig an den Investor ausgeschüttet wird.  Die Beteiligung des Investors an der Unternehmenswertentwicklung wird im Jahr der Beendigung der stillen Gesellschaft besteuert.

Im Rahmen der Ermittlung der Gewerbesteuer des Unternehmens sind die Gewinnanteile des stillen Gesellschafters in voller Höhe dem Gewerbeertrag zuzurechnen. Besonderheit ist, dass gem. § 11 Abs. 1 Nr. 1 GewStG ein Freibetrag zum Ansatz gebracht werden kann.

Beteiligt sich ein geschäftsführender Gesellschafter an seinem eigenen Unternehmen als atypisch stiller Gesellschafter, so ist nich auszuschließen, dass seine Geschäftsführerbezüge der Gewerbesteuer unterliegen.

Die Beschränkungen der Gesellschafterfremdfinanzierung sind bei einer atypisch stillen Beteiligung dagegen nicht zu beachten.

Etwaige dem stillen Gesellschafter zugewiesenen Verluste des Unternehmens stellen aufgrund der mitunternehmerischen Prägung beim Stillen negative Einkünfte dar. Sie können im Rahmen des § 15 a EStG mit anderen positven Einkünften verrechnet werden. Einschränkungen der Verlustverrechnung bestehen insbesondere im Hinblick auf die Höhe der Verrechenbarkeit, die auf die jeweils tatsächlich eingezahlten Betrag beschränkt ist sowie bei modellhaften Ausgestaltungen, bei der Aufnahme einer Vielzahl von Investoren als atypisch stille Gesellschaften (sog. Steuerspar- bzw. Steuerstundungsmodelle) erfolgt.